La cancoillotte était déjà présente sur les tables des Séquanes et des Gallo-Romains et le mot cancoillotte serait pour certains la traduction littérale du latin concoctumlactem. 
D'autres font remonter son origine à une erreur de préparation dans une ferme du XVIe siècle sans que l'on puisse précisément l'établir. 
La cancoillotte était appelée "fromagère" jusqu'au début du siècle. Sa fabrication n'était pas répandue dans toute la Franche-Comté. Là où les fruitières n'existaient pas, les paysans devaient tirer partie eux-même de leur production de lait. Dans chaque ferme, les femmes fabriquaient leur beurre puis, avec le lait écrémé, elles préparaient la fromagère. Ces produits étaient vendus sur les marchés des villes environnantes. 
Pour faire la fromagère, on laissait cailler naturellement le lait écrémé. Le petit lait (sérum) s'égouttait et l'on obtenait un bloc de metton que l'on émiettait et laissait fermenter lentement à douce température. Quand le grain devenait jaune et répandait une odeur un peu forte, on fondait ce metton avec du beurre jusqu'à cuisson. 
Ainsi préparée, la cancoillotte se conserve difficilement et n'est pas transportable.  
Pendant la première guerre mondiale, Madame RAGUIN entreprit des essais de stérilisation de la cancoillotte pour la faire parvenir à son mari se trouvant sur le front.